Ateliers
Pour l’édition 2026, 29 ateliers sont proposés par les ingénieurs et chercheurs des plateformes du réseau Biogenouest. Les ateliers sont répartis en 6 sessions sur les 2 journées, et couvrent les 6 axes de Biogenouest : Génomique, Protéomique, Exploration fonctionnelle, Bio-imagerie, Analyse structurale et métabolomique et Bio-informatique.
En plus des ateliers animés par les plateformes de Biogenouest, 3 ateliers sont consacrés à des projets accompagnés par les pôles de compétitivité Vegepolys Valley et Valorial, partenaires de Gen2Bio2026, et un autre dédié au projet fédérateur GO-EV.
Chaque atelier dure 30 minutes.
Session 1
Jeudi 12 mars : 10h50-11h20
Utilisation des données Low Pass dans la construction d’un score de risque polygénique dans le contexte des anévrismes intracrâniens (Marine CORNEC, GenoA & Kinnie LE ROY, institut du thorax)
Le génotypage par séquençage, Low Pass, est une méthode émergente qui s’impose comme une alternative aux puces à ADN permettant une interopérabilité et une réutilisation des données. La plateforme GenoA a récemment mis en place cette technique de séquençage basse couverture et développe actuellement l’automatisation de la préparation des librairies.
Et ensuite, que faire de ces données ? Dans le contexte des anévrismes intracrâniens, les méthodes et outils bioinformatiques déployés vous seront présentés.
Organ-on-Chip : un modèle alternatif d’organes in vitro pour l’exploration fonctionnelle de pathologies humaines (Vincent SAUZEAU, L’institut du thorax)
Pour déterminer de nouvelles cibles thérapeutiques, il est nécessaire de mieux comprendre les mécanismes moléculaires menant à la pathologie. La mise en place d’un modèle animal est souvent nécessaire pour valider la/les cible(s) identifiée(s). Cette étape reste incontournable bien que nos activités de recherche doivent tendre à réduire l’utilisation des animaux. Des alternatives de modèles in vitro sont possibles tels que les modèles 3D de cultures cellulaires humaines, connus sous le nom d’organoïdes, qui reproduisent l’architecture tissulaire et le comportement cellulaire. Cependant, cette technologie innovante est réalisée dans un environnement statique, ce qui réduit la capacité des cellules à se différencier.
Pour cet atelier, la plateforme Therassay présentera une nouvelle technologie appelée « organ-on-chip » qui intègre la culture cellulaire en 3D à une technologie de microfluidique. L’objectif principal de cet atelier est de présenter cette technologie « organ-on-chip » de chez Emulate® présente sur la plateforme depuis septembre.
Il sera décrit comme exemple les apports de cette solution sur la culture de cellules musculaires lisses pour mettre en place des vessels-on-chip ou lung-on-chip.
Etude comparative de différents modes de capture de la carpe commune (Philippe HULIN, MicroPICell)
La transition vers la pêche à la carpe, loin d’être un simple divertissement, représente une stratégie active d’ingénierie du mode de vie visant à optimiser les paramètres bio-psycho-sociaux du retraité, en favorisant l’équilibre neurochimique et le maintien des capacités cognitives et motrices.
Cette étude vise à quantifier et à comparer l’impact relatif d’une série de variables biotiques, abiotiques et méthodologiques sur la capture de la Carpe commune.
Découvrez VEGEPOLYS VALLEY, le pôle de compétitivité du végétal et ses opportunités projets à travers le projet PARSADA TRANS’THRIPS (Cécile ABALAIN, Vegepolys Valley & Fabrice FOUCHER, IRHS)
Pôle de compétitivité du végétal, VEGEPOLYS VALLEY rassemble 650 adhérents. Il stimule et accompagne la co-conception d’innovations sur la production végétale et le développement des usages alimentaires et non-alimentaires des végétaux. Attentif aux partenariats avec les académiques, il vous propose une offre de services dédiée qui sera présentée. Ceci sera illustré par le projet PARSADA TRANS’THRIPS dont l’émergence de l’action 1.3 a été accompagnée par le pôle. Cette action a pour objectif de déterminer les bases génétiques, moléculaires, biochimiques et physiques de l’interaction rosier-thrips.
Phénotypage des semences, quoi de neuf ? (Didier DEMILLY, PHENOTIC)
L’atelier proposé ici présentera les avancées méthodologiques et appliquées du phénotypage des semences déployées sur la plateforme PHENOTIC au GEVES. Ces équipements d’imagerie pour le phénotypage haut débit caractérisent les semences sèches et les cinétiques d’imbibition, de germination et de croissance des jeunes plantules hétérotrophes en conditions contrôlées.
Session 2
Jeudi 12 mars : 11h40-12h20
Optimisation de l’édition génomique dans les cellules souches pluripotentes induites humaines (Sarah TESSIER, iPSC)
La technologie d’édition du génome CRISPR/Cas9 est utilisée pour corriger des mutations pathogènes dans des cellules iPS dérivées de patients, ou au contraire pour introduire des mutations spécifiques dans des cellules iPS de donneurs sains.
L’atelier propose de présenter les principes de conception des composants CRISPR, l’optimisation de la nucléofection, ainsi que la mise en place du sous-clonage. Les contrôles qualité essentiels à réaliser à chaque étape du processus seront également abordés.
Localisation des protéines en microscopie électronique (Nina SOLER, MRic-TEM)
Microscopy Rennes Imaging Center (MRic) est une plateforme commune de microscopie photonique et électronique qui rassemble en un seul endroit les instruments et les compétences nécessaires à l’observation cellulaire par imagerie. Après une brève présentation des deux plateaux de MRic, l’intervention se concentrera sur les aspects liés à l’étude de la localisation des protéines en TEM à l’aide de deux méthodes différentes : l’immuno-EM et la microscopie optique et électronique corrélative.
Caractérisation de la réponse de la plante au stress hydrique par RMN et IRM des tissus foliaires (Pierre-Nicolas BOULC’H, IGEPP & Maja MUSSE, PRISM/OPAALE)
Cet atelier illustrera l’application conjointe des approches de relaxométrie, de diffusiométrie et d’imagerie RMN pour caractériser, sur des feuilles de colza, la distribution et la dynamique de l’eau au sein du mésophylle, à différentes échelles. L’objectif est de mieux comprendre la régulation des relations hydriques en réponse à la sécheresse subie par la plante.
Comment accéder au volatolome des plantes : applications agroécologiques à l’étude des interactions plantes/insectes (Léo ANDRUSZKOW, CORSAIRE-P2M2)
L’atelier consistera à déployer les principales techniques, notamment celles disponibles sur nos plateformes, d’accès à l’analyses des composés organiques volatils émis par les plantes et plus particulièrement la fraction du volatolome mobilisée dans les interactions favorables ou défavorables avec les insectes. Appliquées aux plantes cultivées et aux insectes phytophages, ces approches ont vocation à établir les bases mécanistiques des interactions et à identifier de nouvelles solutions agroécologiques de remplacement des insecticides chimiques.
Bonnes pratiques pour les modèles de machine learning et intelligence artificielle en bio-informatique (Pauline LE CORRE, GenOuest)
Les modèles de machine learning et d’intelligence artificielle sont de plus en plus utilisés en bio-informatique pour diverses applications comme l’analyse de séquences ou d’images. Quelques modèles emblématiques sont très largement utilisés, tels qu’AlphaFold pour la prédiction de la structure 3D d’une protéine à partir de sa séquence. Mais un grand nombre de modèles sont aussi développés dans les laboratoires pour répondre à des problématiques plus spécifiques.
Pour accompagner cette évolution de la bio-informatique, des pratiques émergent aujourd’hui afin d’utiliser ces technologies tout en respectant les principes FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable). Cependant, ces méthodes sont encore peu démocratisées, ce qui nuit à la qualité et à la valorisation des modèles produits.
En s’appuyant sur l’expérience acquise dans la gestion des données ou des logiciels ces dernières années (plans de gestion, metadonnées, entrepôts de référence, packaging logiciel, etc.), GenOuest a initié le projet GOIA visant à favoriser l’adoption de ces bonnes pratiques auprès de la communauté, à travers des modules de formations, la mise en place de services, et l’application de ces méthodes à des cas pratiques.
Session 3
Jeudi 12 mars : 15h20-15h50
Protéomique unicellulaire et spatiale sans a priori accessibles à Angers (François GUILLONEAU & Benjamin BARRE, Prot’ICO)
Les besoins en analyses d’ultra faibles quantités de protéines sont de plus en plus flagrants, notamment dans le domaine de la biologie (interactions cellulaire organisation tissulaire, communication, transduction) et notamment dans le domaine de la santé (cancer, biopsie, médicament).
Forte de 20 années d’ancrage à l’ICO, Angers déploie de nouveaux outils d’analyse ultrasensible et haut débit, à l’échelle unicellulaire et sans a priori (ni marquage, ni anticorps ciblé).
Au cours de cet atelier nous exposerons les nouvelles possibilités offertes et leurs applications dans les différents domaines de recherche accessibles.
Quand l’imagerie en temps réel combinée à la cytométrie en flux à haut débit permet le tri des cellules : présentation de la technologie Cell-View™ (Laurence DELBOS, Lucile GUENO & Cécile DAUSS-ABES, Cytocell)
L’arrivée sur le marché, au début des années 2010, d’équipements combinant « cytométrie en flux » et « imagerie », tel que l’ImageStream® (à l’origine développé par Luminex, désormais par Cytek), a permis de visualiser des éléments en flux donnant ainsi lieu à une analyse multiparamétrique d’un échantillon à partir d’un grand nombre d’images. Cette approche permet, par exemple, de définir plus précisément qu’en cytométrie en flux conventionnelle les compartiments de localisation ou de colocalisation des protéines, d’identifier des interactions cellules/cellules, etc.
En 2022, un nouveau cap est franchi par l’équipe de Schraivogel qui développe un trieur de cellule alliant imagerie et cytométrie en flux à haute vitesse. Présenté la même année dans la revue Science, ce trieur est depuis commercialisé par BD Biosciences sous le nom de FACSDiscover™ S8.
Cet équipement et sa version « analyseur » (BD FACSDiscover™ A8) sont venus enrichir le parc de la plateforme Cytocell en 2025. Ces deux appareils bénéficient, en plus de la technologie spectrale facilitant l’utilisation de panels à haute dimension, de la technologie Cell-View™ développée par Schraivogel et al. Cette dernière permet de visualiser en temps réel les éléments en flux et de générer des informations complémentaires sur ceux-ci par le biais de l’imagerie. Il est ainsi désormais possible de sélectionner et de trier des éléments sur la base de paramètres d’imagerie.
Cet atelier aura pour but de présenter la technologie Cell-View™, les méthodes et points de vigilance pour la mise en place de panels avec cette option ainsi que plusieurs applications développées sur la plateforme Cytocell illustrant l’apport de l’imagerie dans le tri cellulaire.
Combining FRET and super resolution microscopy to monitor protein kinase biochemical activity (Xavier PINSON, MRic & Pierre-Jean DESMAISON, IGDR)
The MRic Photonics facility aims to give access to high resolution imaging technologies allowing for assessing the dynamics of biological processes.
Here we present a collaboration between the IGDR Cyclonchondria Team and the MRic facility to introduce BioSenSRRF.
BioSenSRRF is a versatile approach that combines conventional genetically-encoded FRET biosensors to monitor protein kinases activity, with Super-Resolution Radial Fluctuations (SRRF) microscopy.
The combination of these two techniques allowed us to image protein kinase AURKA activation at mitochondria and monitor its biochemical activity in regulating mitochondrial ATP levels at the nanoscale.
Our pipeline can be easily implemented using standard microscopy setups, and is supported by a publicly available ImageJ framework to streamline image processing and data analysis.
We thus believe that this strategy opens new avenues for dissecting the subcellular organisation of protein complexes and their contribution to physiology and disease states.
GO-EV : un réseau à découvrir pour comprendre les défis, opportunités et avancées de la recherche sur les vésicules extracellulaires (Julie GAVARD, CRCI²NA/Réseau GO-EV)
Le réseau GO-EV s’appuie sur la mutualisation des capacités de recherche et une collaboration étroite entre disciplines, laboratoires et plateformes de Biogenouest. Cette dynamique permet de structurer un espace scientifique solide autour des vésicules extracellulaires en Bretagne et Pays de la Loire, en valorisant la complémentarité des expertises et les potentiels technologiques régionaux. Le partage des compétences, la réflexion sur la standardisation des méthodes et la formation de la nouvelle génération de scientifiques ont déjà permis de poser les bases d’innovations à fort potentiel diagnostique et thérapeutique. Cet atelier présentera plusieurs « success stories » qui illustrent comment cette démarche collaborative, menée en lien étroit avec les plateformes, peut aboutir à des avancées dans le développement des connaissances et des technologies, ainsi qu’à des applications industrielles ou cliniques.
Session 4
Jeudi 12 mars : 16h10-16h40
Séquençage Longs reads et ARNs : application pour l’étude de la traduction au cours du développement précoce de l’oursin (Claire DAGUIN-THIEBAUT, Genomer & Maïwenn PETIT, LBI2M)
La plateforme Genomer propose des applications autour du séquençage long reads depuis 2018, intégrant des méthodes d’extractions d’acides nucléiques de haut-poids moléculaire efficaces et adaptées à des échantillons de nature hétérogène, et des protocoles de construction de banques en amont du séquençage Long Reads. Elle accompagne les projets de séquençage Oxford Nanopore, à partir de banques ADN et ARN, notamment un projet de séquençage direct des ARNm au cours du développement précoce de l’oursin afin de mieux comprendre le rôle des éléments cis (queue polyA et méthylations) dans la régulation traductionnelle à la fécondation.
Auteurs : Maïwenn Petit, Lucie Caradec, Gwenn Tanguy, Sandrine Boulben, Oliver Godfroy, Julia Morales (UMR 8227 LBI2M), Claire Daguin-Thiébaut (Genomer).
Modulation fine de l’expression génique par CRISPRai : du modèle cellulaire iPS au modèle animal rat (Vanessa QUILLAUD-CHENOUARD, CR2TI & Séverine REMY, TRIP)
L’édition du génome a transformé la biologie moléculaire en permettant la génération d’une large variété de modèles expérimentaux. Cependant, les approches classiques reposant sur l’insertion d’une séquence d’ADN (knock-in) ou la création d’un codon stop prématuré (knock-out) présentent un caractère irréversible, limitant ainsi leur flexibilité. De plus, la nécessité d’introduire des cassures double-brin dans l’ADN génomique s’accompagne de risques d’instabilités chromosomiques et rend difficile la mise en œuvre de combinaisons complexes de perturbations géniques.
Dans ce contexte, le développement de technologies permettant de moduler l’expression des gènes de manière réversible, ciblée et sans altération permanente du génome représente une avancée majeure. Les systèmes basés sur CRISPR d’interférence (CRISPRi) ou d’activation (CRISPRa) offrent la possibilité d’inhiber ou d’activer spécifiquement un gène d’intérêt, tout en préservant l’intégrité du génome. Cette approche ouvre la voie à des stratégies de criblage fonctionnel plus fines et dynamiques, permettant d’explorer la régulation transcriptionnelle et les interactions géniques avec une précision et une réversibilité jusqu’alors inaccessibles.
Dans cette optique, la plateforme TRIP a développé un système bicombiné CRISPRai, intégrant simultanément les fonctions d’activation et d’inhibition génique dans un même modèle expérimental. Ce dispositif permet la modulation bidirectionnelle et coordonnée de plusieurs gènes, offrant ainsi un outil puissant pour étudier les interactions fonctionnelles complexes. La plateforme présente l’application de ce système dans 2 modèles complémentaires : les cellules souches pluripotentes induites (iPS), permettant une étude à l’échelle cellulaire, et le rat, fournissant un modèle in vivo pertinent.
Identification de marqueurs d’identité des cellules germinales asexuées et sexuées au cours de l’embryogenèse du puceron du pois par une approche de microdissection laser couplée à du Bulk RNAseq ( Eglantine SOUCAT, IGEPP & Gevorg GHUKASYAN, H2P2)
Les pucerons présentent un polyphénisme de reproduction, un cas particulier de plasticité phénotypique leur permettant d’alterner entre reproduction asexuée et sexuée. Au cours de leur cycle de vie annuel, les femelles asexuées se reproduisent par clonage au printemps et en été puis de manière sexuée en automne et en hiver. Au début de l’automne, les femelles asexuées sont capables de percevoir et d’intégrer la diminution de la durée du jour et induit la production de morphes sexuels femelles et mâles. À ce jour, aucun marqueur spécifique de la femelle aséxuée ou sexuée au cours des stades embryonnaires n’a été identifié. Ce projet vise à identifier des marqueurs cellulaires spécifiques des deux types d’embryons à devenir femelles asexuées et sexuées, et à comprendre les mécanismes cellulaires impliqués dans leur différenciation. Nous avons mis en œuvre une nouvelle approche de criblage de gènes candidats à l’aide de la microdissection par capture laser (LCM), afin de collecter des tissus provenant d’abdomen embryons asexués et sexués et d’extraire des quantités ultra-faibles d’ARNm (< 10 ng). Un séquençage d’ARN a été réalisé sur ces échantillons, permettant d’identifier des gènes différentiellement exprimés (DEG) entre les embryons asexués et sexués. Ces marqueurs putatifs seront validés par hybridation in situ. Les résultats préliminaires qui devraient constituer un bon point de départ pour caractériser le développement embryonnaire des ovaires asexués et sexués seront présentés.
Découvrez VEGEPOLYS VALLEY, le pôle de compétitivité du végétal et ses opportunités projets à travers le projet EVAGRAIN (Cécile ABALAIN, Vegepolys Valley & Luc SAULNIER, BIA)
Pôle de compétitivité du végétal, VEGEPOLYS VALLEY rassemble 650 adhérents. Il stimule et accompagne la co-conception d’innovations sur la production végétale et le développement des usages alimentaires et non-alimentaires des végétaux. Attentif aux partenariats avec les académiques, il vous propose une offre de services dédiée qui sera présentée. Ceci sera illustré par le projet ANR PRCE EVAGRAIN qui a été accompagné par le pôle depuis l’émergence jusqu’au colloque de restitution. Le projet avait pour objectif de mettre au point des outils intelligents pour une utilisation agile du blé.
TEM2C : la cryo-microscopie électronique au service de la biologie structurale (Aurélien DUPONT, TEM2C)
Unique plateforme dédiée à la cryo-microscopie électronique dans le Grand Ouest, TEM2C offre un ensemble complet de techniques d’imagerie permettant l’observation d’échantillons biologiques en conditions cryogéniques, c’est-à-dire dans leur état hydraté natif. La plateforme propose plusieurs méthodes de cryofixation, dont la congélation haute pression pour les cellules et les tissus, ainsi que la vitrification en films minces pour les complexes macromoléculaires isolés en suspension.
Ces approches permettent l’analyse sans artefacts de fixation chimique et sans métaux lourds de nombreux objets biologiques tels que les vésicules extracellulaires, les virus ou les liposomes. TEM2C permet également la reconstruction tridimensionnelle d’échantillons complexes grâce à la cryo-tomographie électronique. Enfin, l’installation en 2025 d’un nouveau microscope de dernière génération ouvre désormais l’accès à des études de très haute résolution, jusqu’à l’échelle quasi atomique.
Session 5
Vendredi 13 mars : 10h25-10h55
Conception moléculaire générative par autoencodeur pour la découverte de nouveaux composés thérapeutiques et l’optimisation SAR (Mike MAILLASSON, Imp@ct/CRCI²NA)
Dans la recherche de nouvelles molécules bioactives, l’apprentissage profond et la chémo-informatique se rencontrent afin d’accélérer la découverte de hits et l’optimisation de leads. Nous présentons un outil de conception moléculaire basé sur un autoencodeur génératif, intégré à un pipeline automatisé de docking virtuel. Cette approche permet d’explorer l’espace chimique en encodant les structures moléculaires sous forme de vecteurs latents, en générant de nouveaux composés par de légères perturbations, puis en les évaluant via des simulations de docking contre une cible biologique prédéfinie. Le système affine itérativement les molécules générées en fonction des scores de docking, permettant une conception de novo avec un potentiel bioactif amélioré. De plus, la plateforme Imp@ct facilite l’analyse des relations structure-activité (SAR), contribuant ainsi à l’optimisation des hits prometteurs. Cet algorithme assisté par l’IA fournit des informations précieuses pour la découverte de médicaments et l’optimisation chimique, offrant une solution évolutive pour la conception de ligands.
Modèle de brûlure cutanée profonde et cicatrisation (Stéphanie BERNARDET, LGA & Ugo LANCIEN, CHU Nantes)
Les brûlures de second degré profondes (BP) causent des traumatismes majeurs à la peau, entraînant un risque accru d’infections et de cicatrices. La peau de porc étant proche de celle de l’homme, nous avons développé un modèle pré-clinique porcin de BP permettant l’étude de l’épithélialisation, la formation et la contraction de cicatrices, ainsi que de tester l’efficacité des traitements favorisant la cicatrisation. Nous avons ainsi évalué un traitement composite innovant sur la cicatrisation, la ré-épithélialisation et la néo-collagénèse pendant 28 jours.
Présentation de la plateforme de Cytogénétique Moléculaire Végétale : Oligos-FISH et Immunomarquage pour une analyse fine de la structure des génomes de plantes (Olivier CORITON, PCV)
Apport de la Cytogénétique Moléculaire Végétale – La cytogénétique moléculaire dont l’outil principal est l’Hybridation In Situ en Fluorescence (FISH) sur préparation chromosomique a révolutionné l’approche de la cytogénétique traditionnelle. Le pouvoir de résolution permet de répondre à des projets d’étude des génomes par une analyse fine de la structure des chromosomes en méiose et mitose. Lors de cet atelier, les différents outils proposés sur la plateforme seront présentés. L’intérêt de cette technologie sera illustré à travers d’exemples développés sur la plateforme portant sur la compréhension de la structure des génomes des Brassica par Oligos-FISH et Immunomarquage.
Partage et harmonisation en imagerie (le Groupe de travail « Analyse d’Images » & Emmanuel CARUYER, Neurinfo, Vincent JAOUEN, UMR 1101 LaTIM)
Le groupe de travail « Analyse d’images » de Biogenouest est un réseau thématique inter-régional et inter-axes autour de l’analyse d’images, qui organise des journées thématiques et des webinaires. Lors de cet atelier, Emmanuel Caruyer (Neurinfo) présentera un outil d’harmonisation des pratiques et de partage des données d’imagerie. Puis Vincent Jaouen (UMR 1101 LaTIM) interviendra sur l’harmonisation d’images par IA.
Accélérer l’innovation agroalimentaire : retours du projet Biotech4Food et rôle stratégique des partenaires R&D européens (Tanguy BUSNEL, Valorial & Alexis MEHAIGNERIE, Abyss Ingrédients)
Au programme : un retour d’expérience sur Biotech4Food, projet européen structurant pour les biotechnologies appliquées à l’alimentation, avec la participation d’Abyss Ingrédients. La discussion s’élargira ensuite aux autres opportunités de financement européennes au-delà des dispositifs classiques de R&I d’Horizon Europe (IA, RIA). L’atelier proposera une lecture opérationnelle de ces leviers, illustrée par plusieurs initiatives menées par Valorial, afin de guider les entreprises souhaitant s’engager dans des collaborations européennes diversifiées et stratégiques.
Session 6
Vendredi 13 mars : 11h15-11h45
Plateforme de radiobiologie du GIP Arronax : présentation et premiers résultats expérimentaux en radiothérapie externe (Charbel KOUMEIR, Arronax)
Exploration multidisciplinaire des effets des rayonnements ionisants sur les organismes vivants : illustration de collaborations en radiothérapie externe innovante (Ultra Haut Débit de Dose UHDD, Fractionnée Spatialement SFRT), appliquée à des modèles biologiques, cellules, embryons d’œufs de poisson et souris, et réunissant aussi bien des physiciens nucléaires et médicaux que des radiochimistes et radiobiologistes.
IRM à très hauts gradients de champ magnétique : nouvelles perspectives pour la recherche clinique en imagerie (Emmanuel CARUYER, Neurinfo)
L’imagerie par résonance magnétique (IRM) est un examen médical non invasif qui a révolutionné la prise en charge des patients pour un grand nombre de pathologies. Si l’IRM à très haut champ (7T et au-delà) est souvent mise en avant pour son amélioration de la résolution spatiale, une autre voie technologique, complémentaire, repose sur l’utilisation de gradients de champ très puissants (200 mT/m et au-delà). Ces derniers jouent un rôle clé dans la formation des images et l’imagerie de la microstructure, qui permet d’être sensible à des changements tissulaires de l’ordre du micromètre. Dans cet exposé, nous explorerons les avancées et les opportunités offertes par de tels systèmes, en particulier dans le contexte de l’étude des maladies neurologiques.
La microscopie confocale spectrale, une méthode adaptée à l’analyse des multimarquages mais également intéressante pour exploiter l’autofluorescence des produits agro-alimentaires (Laurence DUBREIL, APEX & Gabriel LE FLEM, GEPEA)
La plateforme APEX est équipée d’un microscope confocal spectral qui permet de collecter la fluorescence des échantillons de 405 nm à 900 nm. Les potentialités de ce nouveau microscope seront présentées au cours de l’atelier. Cet équipement est adapté pour analyser les multimarquages notamment pour imager les sondes fluorescentes OPAL utilisées sur les coupes de tissus inclus en paraffine. Nous verrons que la microscopie confocale spectrale est également une technologie très intéressante pour exploiter les différents spectres d’autofluorescence des échantillons. Gabriel Le Flem, utilisateur de la plateforme APEX, montrera en quoi cette technique non destructive parce que sans marquage, a permis de caractériser la biodistribution d’un ingrédient dans une matrice alimentaire. Les outils d’analyse d’image utilisés pour caractériser les produits seront également présentés au cours de l’atelier.
Let’s use Phenobean ! (Etienne BELIN, Tristan BOUREAU, Rémi GARDET, PHENOTIC)
L’atelier proposé ici présentera les avancées méthodologiques et appliquées sur les robots de phénotypage Phenobean déployés sur la plateforme PHENOTIC. Ces robots sont dédiés au phénotypage haut-débit par imagerie de la cinétique de croissance des plantes et des interactions avec des pathogènes, ainsi qu’une gestion robotisée des conditions environnementales (irrigation, lumière, hygrométrie).
HUMESS: A tool to integrate quantitative transcriptomic and metabolic network modelling to unveil context specific gene signatures (Louis PARE, LS2N/BiRD)
Transcriptomic analysis is a powerful tool for elucidating gene expression patterns associated with specific biological conditions, offering invaluable insights into cellular responses and regulatory mechanisms. However, one major challenge in transcriptomic analysis is the need for external knowledge to interpret gene expression changes in a meaningful biological context, which can be time-consuming and prone to biases. Consequently, many gene expression signatures derived from transcriptomic data remain quite superficial and lack the depth necessary for true mechanistic understanding. In another hand, multi-omics data allows the reconstruction of genome-scale metabolic networks which represent all biochemical reactions involved in a given organism and how these reactions interplay. Theses networks are model of phenotypic metabolism which can have many applications such as the identification of potential therapeutic targets. Nethertheless, these genome-scale metabolic model are difficult to obtain due to the tedious steps of manual curation required to obtain good quality models. Here we introduce HUMESS (HUman Metabolis Specific Signature), a tool that seeks to bridge the gap between both approaches. Using a snakemake implementation, HUMESS integrates quantitative transcriptomic data with metablic network modeling by (i) identifying significantly expressed genes from quantitative 3’seq-RNA Profiling (3’SRP) sequencing data, and (ii) uses a modified version of CarveMe top-down approach for metabolic model reconstruction from a universal human metabolic model – for building a metabolic model specific to the gene differentially expressed. The metabolic model is then (iii) extensively analysed for identifying reactions essential to sustain the human metabolic phenotype. In order to facilitate the analysis of the results, an online Rshiny interface has been developed allowing an in depth exploration of the results.
Reference paper : https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btaf448