Un nouveau Séquenceur sur la plateforme GenoA :
le NovaSeq X plus
Jusqu’à 5 000 échantillons sont séquencés annuellement sur la plateforme de génomique GenoA.
Dès 2026, sur la base de nouveaux partenariats nationaux et européens, plus de 1 500 génomes humains supplémentaires seront séquencés chaque année.
Pour accompagner cette forte croissance, GenoA s’est équipée cette année d’un séquenceur plus performant, le NovaSeq X plus d’Illumina.
L’inauguration de ce nouvel équipement a eu lieu le mercredi 10 décembre à l’IRS-UN.
Inauguration du séquenceur de GenoA
de gauche à droite, Charlène Besnard, Audrey Donnart et Marine Cornec, Ingénieures sur la plateforme GenoA
Le séquenceur NovaSeqX plus, de dernière génération, et à très haut-débit, permet de traiter jusqu’à 2,5 fois plus d’échantillons d’ADN/ARN simultanément, améliorant ainsi la rapidité de traitement et la diminution des coûts jusqu’à 50% pour certaines applications.
Il existe trois supports de séquençage (Flow cell) permettant d’adapter le séquençage au dimensionnement du projet : de 1.5 à 25 milliards de reads (lectures) produits, ce qui représente 500 Gbases à 8 Tbases produites en sortie de run.
Une grande diversité d’analyses peut être réalisée, notamment :
l’analyse de génomes complets
le génotypage par séquençage
l’analyse du transcriptome
l’analyse en cellules uniques
les analyses épigénétiques
l’analyse du microbiote
L’analyse des données est facilitée par les liens étroits avec la plateforme de bio-informatique BiRD et le mésocentre GLiCID. BiRD a investi dans un serveur de calcul basé sur une puce reprogrammable (FPGA). Ce type d’équipement offre une solution ultra-performante, rapide, et modulable pour l’analyse des génomes entiers. Il permet un traitement des données jusqu’à 20 à 50 fois plus rapide que les analyses classiques basés sur CPU.
Le séquenceur a été acquis par Nantes Université grâce au financement CPER Phenomics porté par la SFR Bonamy et au soutien du CHU pour un montant total de plus d’un million d’euros.
Cette acquisition a permis à GenoA de se positionner dans des projets nationaux et européens (horizon Europe, ANR-PEPR, AXA fondation, RHU).
N’hésitez pas à contacter les plateformes pour toute nouvelle demande de projets aux adresses suivantes :
CONTACT
Plateforme GenoA
8, Quai Moncousu, 44007 Nantes
genoa@univ-nantes.fr
